"Omkring 60 människor dödades av människor som bar vår armés uniform", säger åklagaren Lamine Kabore i ett uttalande.
I tisdags dödades minst 24 personer i två separata attacker. Burkina Faso styrs av en militärjunta efter en kupp för ett drygt år sedan, men juntan har hittills misslyckats med att pressa tillbaka de militanta jihadister som sedan 2015 härjar i landet.