Samtliga fladdermöss och grodarter i Sverige finns i artskyddsförordningen och är fridlysta. Det finns arter av fladdermus som har starkare skydd än andra, i form av åtgärdsprogram som Sverige förbundit sig att följa via det europeiska avtalet Eurobats.
Till de ovanligare arterna hör dammfladdermus, sydpipistrell, trollpipistrell och sydfladdermus. Till de i Sverige vanligaste hör vattenfladdermusen, dvärgpipistrell och större brunfladdermus.
I förra veckan skrev tidningen ATL att förekomsten av ovanliga fladdermöss i Bruzaholm, Jönköpings län, gjort att en planerad vindkraftpark bara får bli hälften så stor som tänkt.
I Härryda i Västra Götalands län stoppades i november i fjol rivningen av ett antal äldre byggnader när rivningsfirman upptäckt att det bodde långörade fladdermöss i husen.
I Skåne hejdades i oktober 2013 rivning av ett par silobyggnader eftersom pipistrellfladdermöss bosatt sig där. Senare fick Malmö stad rivningstillstånd eftersom det ansågs farligare för fladdermössen att låta de fallfärdiga byggnaderna stå kvar.
Förekomst av barbastellfladdermöss har tidigare stoppat byggen av vindkraftverk och inskränkt driften, bland annat i Påryd i Kalmar län, där ett företag inte fick lov att bygga 18 planerade vindsnurror.