Pernillas pojkar har en yttre handling som kretsar kring 35-åriga Pernilla, omgift tvåbarnsmamma som arbetar vid arbetsförmedlingen. Pernilla, som spelas av Therese Fasth, har tappat sugen. Hon tycker själv att hon är ful, fet och tråkig.
Pernilla är jobbcoach och just ska dra i gång en ny peppkurs för sex unga män, som spelas av Jeff Lindström, Rodi Ellilä, Pontus Kinnander, Joakim Lang, Fredrik Eriksson och Hampus Larsson. Dessa har personligheter som var och en speglar olika sidor hos Pernilla själv.